Portvolio heeft gekozen voor een stichting als rechtspersoon. Het bestuur bestaat uit 2 onderdelen, te weten het AB en de DB. De 7 bestuurders van de aangesloten besturen en een onafhankelijk voorzitter vormen samen het Algemeen Bestuur (AB). De dagelijkse leiding van Portvolio is in handen van de directeur-bestuurder (DB) .

De directeur-bestuurder
De DB is verantwoordelijk voor de dagelijkse aansturing van Portvolio. Tevens is de DB eindverantwoordelijk voor de instandhouding en continuïteit van het samenwerkingsverband; voor het realiseren van een samenhangend geheel aan ondersteuningsvoorzieningen tussen en binnen de scholen; en voor de kwaliteit van de ondersteuningsvoorzieningen.

Het Algemeen Bestuur
Het AB heeft een toezichthoudende rol op de besturing door de DB. Het AB ziet erop toe dat de DB binnen de gestelde kaders van het ondersteuningsplan en begroting opereert.
Binnen het AB ziet de onafhankelijk voorzitter er op toe dat de belangen van álle stakeholders goed meegewogen worden in de besluitvorming binnen het samenwerkingsverband. De leiding van de bestuursvergaderingen is ook in handen van de onafhankelijk voorzitter

Het scholenoverleg
Binnen het scholenoverleg voeren de schooldirecties van de aangesloten scholen gezamenlijk overleg over de ontwikkeling, voorbereiding, uitvoering en evaluatie van (beleid op) passend onderwijs. Het scholenoverleg komt 6 keer per jaar bijeen en is een platform voor informatie- en gedachtenuitwisseling. Het scholenoverleg adviseert de DB bij de operationalisering (uitvoering) en bijstelling van het ondersteuningsplan.

Het stafbureau
Het bestuur wordt ondersteund door een stafbureau dat bestaat uit secretariële onder-steuning. Daarnaast werkt er een beleidsmedewerker (een dag) op aandachtsgebied kwaliteit.